Seu nome tem origem tupi e significa "pulo do peixe", através da junção dos termos pirá ("peixe") e pora ("pulo"). O nome é uma referência ao fato de, no período da desova dos peixes, eles saltarem sobre a água para vencer as corredeiras do rio e, desse modo, poder alcançar a cabeceira dos rios, que são locais mais propícios à desova.
Em 1725, a imagem de madeira do Senhor Bom Jesus, santo padroeiro da cidade, foi encontrada numa corredeira, apoiada numa pedra do Rio Tietê. Tornou-se município em 1959, quando se emancipou de Santana de Parnaíba. A população estimada em 2009 era de 15 706 habitantes e a área é de 108 km², o que resulta numa densidade demográfica de 127,43 habitantes por quilômetro quadrado.
Dados do Censo - 2000
População total: 12 395
Urbana: 12 388
Rural: 7
Homens: 6 210
Mulheres: 6 185
Densidade demográfica (habitantes/km²): 111,77
Mortalidade infantil até 1 ano (por mil): 19,88
Expectativa de vida (anos): 69,21
Taxa de fecundidade (filhos por mulher): 2,91
Taxa de alfabetização: 89,65%
Índice de Desenvolvimento Humano (IDH-M): 0,767
IDH-M Renda: 0,686
IDH-M Longevidade: 0,737
IDH-M Educação: 0,877
Fonte: Instituto de Pesquisa Econômica Aplicada
Seus limites são Cabreúva e Jundiaí a norte, Cajamar a leste, Santana de Parnaíba a sul e Araçariguama a oeste.
Pirapora do Bom Jesus situa-se a uma altitude média de setecentos metros.
A cidade fica num vale encravada entre grandes montanhas da serra do Ivoturuna, a beira do Rio Tietê, bastante poluído neste trecho. Fica a 53 km da cidade de São Paulo, próxima à Rodovia Castello Branco.
No início do povoamento, o rio serviu como via de transporte, comunicação, energia, subsistência, irrigação e lazer.
A Serra do Ivoturuna, que cerca a cidade, é tombada pelo Conselho de Defesa do Patrimônio Histórico. Seu nome é de origem tupi e significa "Montanha Negra", através da junção dos termos ybytyra ("montanha") e un ("negro")[8]. O nome é uma referência à cobertura de vegetação de tonalidade escura, que, em determinadas épocas do ano, chega a escurecer a paisagem do entorno da cidade. Possui nascentes de água e cachoeiras, inclusive vertentes que abastecem o município.
O Rio Tietê corta o centro velho da cidade e por vezes, pode-se observar tapetes de espuma sobre suas águas. Este fato ocorre devido à proximidade da cidade com a Barragem de Pirapora do Bom Jesus, que tem por finalidade acumular água, para atender à Usina Hidroelétrica de Rasgão, que se situa pouco mais abaixo.
As águas poluídas do Tietê, quando passam pelos seus vertedouros ou pela sua tubulação interna de descarga, acabam por produzir muita espuma, proveniente da contaminação da água por dejetos domésticos, notadamente detergentes.
O clima é subtropical, com temperatura média anual girando em torno dos dezoito graus centígrados e precipitação média de 1 381 milímetros por ano. Clima: O clima da cidade, como em toda a Região Metropolitana de São Paulo, é o subtropical. Verão pouco quentes e chuvosos. Inverno ameno e subseco. A média de temperatura anual gira em torno dos 18Cº, sendo o mês mais frio Julho (Média de 14 °C) e o mais quente Fevereiro (Média de 22 °C). O índice pluviométrico anual fica em torno de 1400 mm.
